Je kunt er ook voor kiezen om zelf kaasfondue te maken. Veel voorkomende verhoudingen zijn alleen Gruyère, Comté of alleen Vacherin, maar ook een 50/50 mix van deze twee kaassoorten is erg lekker. Je kunt er ook voor kiezen om 50/50 te doen met Gruyère en Emmentaler. Je kunt er ook voor kiezen om drie kazen te gebruiken, allemaal in gelijke verhouding. Kies dan bijvoorbeeld voor Gruyère, Emmentaler en Sbrinz of voor Emmentaler, Beaufort en Comté.